ALERRT est structuré en sept Work Packages (WP - Modules de Travail), répartis sur deux programmes interactifs qui, ensemble, sont conçus pour réaliser les ambitions d'ALERRT:

A. Plateformes de recherche, de préparation et d'intervention (PRPR),
qui contient les activités axées sur la recherche des WPs 1-3 :

 WP1

Plateforme de recherche clinique

 WP2

Plateforme de recherche en laboratoire

 WP3

TIC et gestion des données

B. Programme d'impact et de préparation opérationnelle (IOR),
qui contient les activités visant à assurer l'état de préparation opérationnelle du réseau et la traduction des résultats en politiques, pratiques et amélioration de la santé (WPs 4-6) :

 WP4

Préparation opérationnelle et résilience

 WP5

Formation et renforcement des capacités

 WP6

Impact